La città era retta da una magistratura di dodici savi, che aveva responsabilità collegiali, mentre le funzioni esecutive erano prerogativa di un solo di essi, il giudice dei savi. L'ordinamento signorile, che si sovrappose a quello comunale, accentuò progressivamente il proprio potere a scapito di quest'ultimo, confinandolo in un ambito strettamente amministrativo.
Con il passaggio del ducato di Ferrara sotto la diretta sovranità del papato, la successiva costituzione del pontefice Clemente VIII, del 15 giu. 1598, istituì un consiglio centumvirale formato da tre ordini di cittadini, di cui ventisette nobili, rieleggibili, e diciotto rappresentanti delle arti. L'amministrazione della città sotto il profilo istituzionale non ebbe a subire tuttavia formali cambiamenti; i componenti la magistratura dei dodici savi furono sempre scelti fra i consiglieri del primo ordine, con elezione e conferma sovrana.