Fu istituita col nome di consiglio di giustizia il 15 aprile 1502 in sostituzione del podestà e del capitano del popolo. Fu riformata il 6 agosto 1505 e, dopo l'avvento del principato, il 14 maggio 1532. con questa riforma si cercava di eliminare alcuni difetti dell'amministrazione della giustizia civile, fra i quali l'eccessiva durata delle cause e la incertezza della competenza territoriale in Firenze e nel granducato per un più regolare svolgimento degli appelli.
Ma non si riuscì nello scopo, anzi gli inconvenienti si esasperarono col passare del tempo, nonostante i tentativi di riforma, che si susseguirono fino al 1717. Con l'avvento della casa di Lorena questo tribunale fu potenziato e riformato soprattutto da Pietro Leopoldo, che il 13 dicembre 1771, nel quadro della riforma giudiziaria, lo trasformò in giudice civile di primo, secondo e ulteriore appello, abolendo i giudici di quartiere che erano scelti fra i giudici di ruota