Con la restaurazione fu abolita l'organizzazione della pubblica istruzione che faceva capo all'accademia di Pisa, istituzione tipicamente francese, organo periferico dell'université impériale. Da essa dipendevano tutte le scuole - dalle facoltà o scuole universitarie fino alle primarie - dei tre dipartimenti in cui era diviso l'ex granducato. L'accademia di Pisa fu soppressa il 7 novembre 1814  [Bandi Toscana, cod. XXI, n. CLXXVII]  e, al suo posto, fu ristabilita l'università.
Come organo di governo delle scuole fu istituito il 30 nov. 1816  [Leggi del Granducato..., cit., 1816, II, pp. 162-165]  l'ufficio di regio consultore e soprintendente agli studi alle dipendenze della segreteria di Stato. Fu riunito alla segreteria di Stato il 20 febbraio 1830 e tornò ad essere autonomo il 27 luglio 1840.
Nel marzo 1848 passò al ministero dell'interno e il 4 giugno successivo fu assorbito dal ministero della pubblica istruzione