All'epoca della sua istituzione, il 16 marzo 1848, fu diviso in due sezioni: personale militare, materiale e marina militare. Il 29 ottobre 1848  [Bandi Toscana, cod. LV, n. CCCIX]  le funzioni dell'abolito general comando militare passarono a questo ministero, che fu riorganizzato in tre sezioni: dello stato maggiore, del personale dell'esercito, del materiale e marina militare. Ancora nel settembre 1849 ne fu distaccato lo stato maggiore che formò un ufficio autonomo, mentre le tre sezioni del ministero furono riorganizzate. Esse trattavano rispettivamente gli affari del personale, del materiale, e la " statistica ", il carteggio e i conteggi. Infine il 10 ottobre 1851  [Ibid., cod. LVIII, n. CIV]  con tutte le attribuzioni che aveva prima del 1848, ed il ministero della guerra tornò ad avere le attribuzioni che prima del 1848 spettavano alla segreteria di guerra