Scarsissimi i documenti anteriori al 1377, anno, per Cesena, del saccheggio passato alla storia come " sacco dei Brettoni ". La documentazione è piuttosto scarsa anche per il periodo della signoria dei Malatesta (1379-1465) e diviene, invece, nutrita a partire dalla seconda metà del' 400
Intorno al 1750 si pose mano ad un primo parziale ordinamento dell'archivio che riguardò soprattutto le lettere e le carte sciolte, ma si risolse in un eccessivo sminuzzamento per titoli e rubriche e quindi in " un assettamento poco razionale ", come ebbe a notare Francesco Bonaini nel 1860  [BONAINI, p.54 ] 
Dopo altri due tentativi di ordinamento, nel 1892 l'amministrazione comunale chiese all'allora direttore dell'AS Bologna, Carlo Malagola, di riordinare l'archivio
Il Malagola terminò il proprio lavoro nel 1895, ordinando ed inventariando la documentazione fino al periodo napoleonico escluso, secondo quello che egli chiamava il metodo storico-sistematico, ma rispettando tuttavia l'anzidetto ordinamento parziale della metà del sec. XVIII che, per aver dato luogo a volumi rilegati, sarebbe stato dannoso distruggere. In anni più recenti, ed in parte anche dopo il passaggio del fondo alla Sezione d'Archivio di Stato, si è continuata l'inventariazione dei documenti dal periodo napoleonico. Nel 1950-1951 fu d'altra parte approntato un nuovo inventario che, rispettando l'ordinamento dato dal Malagola, offre una descrizione del materiale molto più particolareggiata (inventario Domeniconi, dal nome dell'autore). Il fondo comprende anche documentazione relativa a Cesenatico - che faceva parte del comune di Cesena e fu eretto in comune autonomo soltanto agli inizi dell' 800 - e al Monte di pietà; altro materiale di questo ultimo istituto si trova nel fondo Congregazione di carità  [Gli statuti del Monte di pietà sono presso l'archivio capitolare ed i volumi delle visite presso l'archivio vescovile ]  . Le date che oltrepassano il 1797 sono dovute a seguiti di affari o al persistere per qualche tempo dei vecchi sistemi di condizionamento degli atti