Nel 972 il vescovo di Genova Teodolfo riedificò e ingrandì la chiesa, già antichissimo monastero femminile e la costituì in abbazia, affidandola ai monaci di S. Benedetto e facendola parrocchia di pochi abitanti fuori città. Arricchitasi per donazioni fatte da facoltosi personaggi, il suo dominio si estese fin sopra il territorio della diocesi di Albenga  [Nel comune di Portovenere in provincia di La Spezia]  su alcuni monasteri (come S. Stefano, S. Maurizio di Villaregia, S. Maria di Pompeiana) sui quali l'abate di S. Stefano esercitava i diritti sovrani di un principe. Nei 1405 fu da Bonifacio IX convertita in commenda. Nel 1529 l'abate commendatario Giovanni Matteo Gilberto vi chiamò i monaci olivetani, che vi risiedettero fino al 1776, allorquando fu assegnata a sacerdoti secolari