Dal 7 dicembre 1806 furono attribuite competenze al consiglio delle tre prefetture del principato in materia di contenzioso del demanio, dei boschi e delle foreste. Il 7 settembre 1808 si determinarono nuovamente le attribuzioni del consiglio ordinario delle prefetture (che di lì a poco divenne uno solo per tutto il principato) in materia di contenzioso amministrativo, estendendolo anche al catasto e alle contribuzioni, ai cottimi per i lavori dello Stato, dei comuni e dei dipartimenti, alle occupazioni dei terreni per canali, strade ed altre opere di pubblica utilità; il consiglio inoltre autorizzava i comuni a promuovere liti o stare in giudizio. Soppressa il 29 gennaio 1810 la prefettura di Lucca, e conseguentemente il suo consiglio, la materia del contenzioso fu affidata ad una sezione del consiglio di Stato detta appunto sezione del contenzioso amministrativo. Soppresso il consiglio di Stato nel 1814, gli affari del contenzioso passarono ad un uffizio del contenzioso amministrativo, cui poco più tardi vennero aggiunti gli affari del sindacato. Nel 1818 Maria Luisa di Borbone stabilì che le funzioni dell'uffizio del contenzioso e del sindacato, a cominciare dal 1 gennaio 1819 fossero esercitate dal tribunale di prima istanza, mentre nel nuovo sistema giudiziario, varato il 28 ottobre 1819, si ordinò che le cause del contenzioso amministrativo fossero di competenza dei giudici ordinari a seconda della loro forma e valore, cioè del commissario giusdicente della vicaria di Lucca e del tribunale di prima istanza.
Le competenze del sindacato rimasero separate da quelle del contenzioso ed affidate esclusivamente all'apposito uffizio. Il 26 febbraio 1848 questo sistema venne abolito dal granduca, che estese a Lucca il sistema giudiziario toscano