A questo periodo appartengono la gran parte delle scritture conservate. La parte più antica dell'archivio è tradizionalmente nota come " archivio priorale "Assume notevole rilevanza contenendo documentazione per molti aspetti complementare a quella conservata negli archivi dei legati della Marca e di altre istituzioni che, come si è accennato, avevano sede in Macerata ed estendevano la loro giurisdizione su tutta l'attuale regione marchigiana. Nel 1627 il nobile maceratese Giuseppe Panici, sulla base forse della situazione di fatto da lui trovata, divise il fondo in due parti: la prima, detta archivio segreto, conteneva i documenti in pergamena e altro materiale pregevole; la seconda conteneva i restanti atti: delibere consiliari (Riformanze), libri di contabilità (Camerlenghi), processi penali celebrati dinanzi al podestà (Malefitia) ed altro. Solo della prima parte il Panici ci lasciò un inventario che, aggiornato, è ancor oggi di utile consultazione A2. L'archivio fu poi riordinato nel 1898 dallo Zdekauer e consacrato nell'inventario tuttora in uso. Trasferito presso la biblioteca comunale vi rimase fino al 1966, quando fu depositato presso l'archivio di StatoLa descrizione che segue si rifà all'inventario dello Zdekauer; sono stati soltanto collocati nella parte III fondi che, pervenuti assieme all'archivio comunale, sono però da esso distinti: il Collegio dei dottori , il Collegio di S. Giovanni e il Monte di pietà , nonché l' Amministrazione dipartimentale del Musone (1798-1799) collocata nel periodo napoleonico