L'archivio signorile visconteo - non è noto se alle carte costituitesi in Milano furono mai aggiunte quelle che dovevano esistere a Pavia - andò distrutto probabilmente insieme all'archivio ducale nell'agosto 1447, alla morte di Filippo Maria Visconti, quando il castello di Porta Giovia, ove aveva sede la cancelleria segreta, fu preso d'assalto dal popolo e distrutto.
Quanto rimase del carteggio interno ed estero dell'archivio ducale, pervenne, in modo non ancora chiarito, al nuovo duca Francesco Sforza, il quale ordinò al primo segretario Cicco Simonetta la ricostituzione dell'archivio visconteo, come necessario fondamento per l'amministrazione dello Stato. Così l'archivio visconteo venne ad essere unito all'archivio sforzesco nel ricostruito castello di Porta Giovia.
Nel 1781 l'archivio venne trasferito ad opera di Ilario corte nell'ex-collegio dei gesuiti in S. Fedele, sede dell'Archivio governativo, istituito appunto in quell'anno.
Nel periodo napoleonico, dopo la costituzione della repubblica italiana (1802), l'archivio fu riordinato da Michele Daverio, direttore dell'Archivio nazionale, che dette alle carte l'ordine cronologico secondo il quale egli elaborò le Memorie. Così si formò il carteggio generale visconteo-sforzesco che comprendeva in massima parte: le carte della cancelleria segreta e dell'auditore ducale e quanto restava delle carte del consiglio segreto e del consiglio di giustizia prima dell'istituzione del senato (11 novembre 1499); la parte degli archivi del magistrato ordinario e del magistrato straordinario, che dopo la costituzione dell'archivio camerale non erano confluite in quell'archivio; carte degli uffici centrali dell'amministrazione ducale, della tesoreria, del banco degli stipendiati e dell'ufficio di sanità anteriore al magistrato di sanità (1534).
Nel corso dell'800 il carteggio generale visconteo-sforzesco, detto anche Corrispondenza diplomatica dei duchi di Milano, costituì la parte più antica del carteggio generale (o " Documenti diplomatici dei signori, duchi e sovrani succedutisi nel governo di Milano fino al 1796 "), dopo la fusione del visconteo-sforzesco con gli archivi della cancelleria del governatore e della cancelleria del gran cancelliere, entrambe successive al 1535. Questo grande complesso di documenti fu disposto in ordine cronologico dal Peroni che lo utilizzò per il suo ordinamento per materia, mentre l'Osio lo utilizzò per le sue collezioni ( Autografi , Comuni , Famiglie , vedi Diplomatico ). La ricostituzione delle serie fu iniziata dal Fumi, condotta avanti dal Vittani e dal Manganelli e ha avuto infine inventariazione sommaria ad opera del Natale. Nella prassi archivistica milanese si è consolidata ab antiquo la distinzione tra " atti e carteggi ", in filza, in filo, in mazzo, in cartella, e " registri ", conservati separatamente anche se a danno della visione unitaria del fondo. ciò probabilmente dipendeva dal servizio cancelleresco in cui i registratori tenevano banco a parte rispetto ai minutanti. I registri si riferiscono sia alla politica estera (procure, trattazioni, leghe, aderenze, paci, ratificazioni, ecc.), sia alla politica interna dello Stato: atti dell'autorità signorile e ducale (decreti, ordini, privilegi, lettere patenti, concessioni, grazie, salvacondotti, immunità, ecc.) o ad essa relativi (giuramenti dei sudditi).
Il nucleo più antico è proprio dell'attività dei notai e segretari ducali del periodo visconteo, i quali, sotto gli Sforza, s'intitolarono più spesso segretari e notai ducali in ragione dell'affermazione della preminenza cancelleresca, che dominava il servizio curiale, specialmente sotto Galeazzo Maria.
La distinzione è stata mantenuta nella ricostituzione dell'archivio visconteo-sforzesco e nella compilazione dell'inventario. Per l'archivio sforzesco - sia nel carteggio che nei registri - non è stata osservata la distinzione tra gli atti sforzeschi e i pochi frammenti del governo di Luigi XII (settembre 1499- febbraio 1500; aprile 1500-giugno 1512) e di quello di Francesco I (1519-1521; 1524-1525)