L'archivio del senato divenne il necessario fondamento per l'attività del supremo tribunale di giustizia che ad esso subentrò - nel 1786 - e costituì con la documentazione di questa magistratura l'Archivio del deposito giudiziario.
Nel corso di oltre due secoli e mezzo la documentazione del senato aveva subito danni, revisioni e sistemazioni più o meno valide (1570 e 1699) fino al riordinamento di Ilario Corte (1754-1765). Nel 1811 l'Archivio giudiziario fu trasferito nel deposito di S. Damiano nel quale alcune serie rimasero immuni dalla sistemazione peroniana, in particolare quella dei fedecommessi (da cronologica divenuta alfabetica), mentre furono praticati anche degli scarti. Nel 1823 passò alle dipendenze dell'Archivio governativo e qualche anno dopo confluì nel palazzo del senato. In questa sede, ad opera dell'Osio, l'archivio subì ulteriori danni: un primo stralcio della parte più antica andò ad arricchire la sezione storico-diplomatica, nella quale trovarono poi posto le interinazioni e i privilegi (per gli anni 809-1535). L'opera di ricostituzione dell'archivio del senato non poteva mancare nel piano del Fumi. L'archivio venne organizzato dal Manaresi in ventitré serie. Vi furono quindi allegati superstiti atti e registri del regio capitano di giustizia, del podestà e suo vicario e giudici, del tribunale di provvisione. Nel 1943 l'archivio del senato subì ingenti danni a causa dei bombardamenti