E' questo l'unico archivio rimasto fuori dalla fusione peroniana e dalla fusione con quelli del regno d'Italia. Fu versato in epoca napoleonica nell'Archivio finanziario nel quale confluirono anche altri archivi del periodo napoleonico quali quelli del demanio, dell'intendenza generale dei beni della corona, della commissione liquidatrice del debito pubblico. L'Archivio finanziario, divenuto nel 1872 una sezione dell'Archivio di Stato di Milano, fu distrutto nel 1943: si salvò soltanto l'archivio dei Domaines nationaux.
Si tratta di atti e documenti relativi alla vendita dei beni degli enti ecclesiastici soppressi nei dipartimenti di Agogna, Lario, Olona, Serio, Mella, Alto Po, Mincio. Tali operazioni finanziarie avevano connessione con le operazioni dell'Amministrazione del Fondo di religione