L'archivio fu sottoposto al riordinamento peroniano; pertanto i documenti si trovano nel fondo Atti di governo, parte moderna, nelle voci agricoltura, albinaggio, annona, censo, commercio, confini, feudi camerali, finanze, fondi camerali, giustizia civile, luoghi pii, militare, polizia, popolazione, potenze estere, potenze sovrane, sanità, spettacoli, strade, studi, tesoreria, uffici regi, uffici giudiziari, uffici civici.
Queste serie furono in parte danneggiate dai bombardamenti del 1943, quando fu distrutto anche l'archivio del magistrato camerale (1830-1848) cui era unito l'archivio del senato camerale.
Fuori della sistemazione peroniana rimase il carteggio relativo alla istruzione (primaria, secondaria, universitaria, pubblica e privata; biblioteche, collegi e altri istituti) per gli anni 1836-1848: pertanto questo fondo è noto anche come Pubblica Istruzione