Noto impropriamente come " Fondo di religione, parte moderna ", è suddiviso in 14 serie
Il fondo comprende anche le carte del collegio dei notai di Pavia

Durante la permanenza nell'ex convento di S. Spirito, l'archivio fu riordinato secondo il metodo peroniano e pertanto fu diviso in due parti: parte antica, con gli archivi degli enti soppressi divisi in buste e registri; parte moderna, con il carteggio dell'amministrazione, gli atti di monasteri, conventi, confraternite e di enti laici relativi alla pubblica istruzione secondo le voci del titolario (scuole, giurisperiti, notai) con pergamene di antica data e documenti non datati. Nel corso di questo riordinamento si ebbero ulteriori versamenti di atti dell'amministrazione demaniale che comprendeva anche l'archivio della contabilità dello Stato.
Dopo il versamento nell'Archivio governativo il Fondo di religione fu sottoposto a qualche tentativo di riordinamento sotto la direzione del Fumi; non si proseguì su tale via in quanto si rivelò obiettivamente impossibile una ricostruzione delle serie originali. I bombardamenti nel 1943 danneggiarono gravemente l'archivio; nel 1957 fu compilato un nuovo inventario, che riflette tuttavia la precedente organizzazione dell'archivio