L'archivio - distrutto nel 1943, a causa dell'incendio appiccato dai tedeschi a villa Montesano in San Paolo Bel Sito presso Nola, dove era stato trasportato per misure di protezione antiaerea - era costituito da 375 registri in pergamena e 3 in carta; da 4 registri frammentari detti " registri nuovi "; da 66 volumi in carta, intitolati " fascicoli "; da 37 volumi di atti in pergamena, originali, detti " arche in pergamena " e da 21 volumi di atti in carta, pure originali, detti " arche in carta ".
Dalla rovina si salvarono, per essere rimasti in sede, oltre a qualche frammento, i repertori del Sicola, del Chiarito, del Borrelli e tre volumi dei Notamenta di Carlo de Lellis  [Cfr. R. FILANGIERI DI CANDIDA, Notamenti e repertori delle cancellerie napoletane compilati da Carlo de Lellis e da altri eruditi dei secoli XVI e XVII. Memoria..., in Atti della accademia pontaniana, s. II, XXXIII (1928), pp. 1-22] 
Nel 1944 Riccardo Filangieri, soprintendente agli Archivi napoletani, nel desiderio di recuperare e raccogliere quanto era possibile reperire degli atti angioini perduti, elaborò e mise in atto un valido piano di ricostruzione dell'archivio angioino, attraverso originali, copie, manoscritti, microfilm e fotocopie esistenti nell'AS Napoli e altrove, trascritti, pubblicati o raccolti da studiosi italiani e stranieri di ogni tempo.
sorse così presso l'AS Napoli l'ufficio della ricostruzione angioina, tuttora operante.
I documenti e le notizie rinvenute vennero e vengono raggruppati nell'ordine e nelle serie dei registri, fascicoli e arche, in pergamena e in carta, secondo l'appartenenza rispecchiando così la struttura che la cancelleria aveva al momento della distruzione.
L'accademia pontaniana, su proposta di Benedetto Croce, si assunse l'onere della pubblicazione. Il primo volume, I registri della cancelleria angioina ricostruiti da Riccardo Filangieri con la collaborazione degli archivisti napoletani, vide la luce a Napoli nel 1949; a tutt'oggi sono stati pubblicati 124 registri del regno di Carlo Id'Angiò nei volumi I-XXVII della raccolta, 19 registri del regno di Carlo II d'Angiò nei volumi XXVIII-XXX e 1 registro di Luigi III d'Angiò nel volume XXXIV  [Si veda al riguardo la prefazione del Filangieri al primo volume]  I registri pubblicati sono stati ricostruiti secondo la struttura e l'ordinamento prospettati da P. Durrieu, e con l'aiuto dell'Inventario di B. Capasso (cfr. infra, in bibliografia).