La segreteria dei viceré può dirsi costituisca la prima istituzionalizzazione delle funzioni espletate in precedenza dai segretari dell'epoca angioina e aragonese, e altresì il primo embrione dell'organizzazione dello stato nel periodo successivo.
Divisa in segreteria di Stato e guerra e in segreteria di giustizia, affiancava il viceré, spedendo per iscritto i suoi ordini e provvedimenti, peraltro privi di forma autentica e legale.
Le due segreterie non potevano che emettere " viglietti ", per lo più a nome del viceré, indirizzati sia al collaterale, che ad altri uffici.