Nel 1592 Ranuccio I Farnese, figlio di Alessandro Farnese e nipote di Ottavio Farnese marito di Margherita d'Austria, dispose la raccolta di tutti gli atti pubblici e privati concernenti il governo delle Fiandre tenuto da Margherita e Alessandro.
successivamente, nel 1597, ordinò all'archivista della casa, Cesare Ripa, di compilare un indice alfabetico di tutte le scritture, dell'ordinamento delle quali fu poi nel 1621 incaricato di dar conto Francesco Moresco. Più tardi altre carte giunsero da Roma e dai domini farnesiani, tra le quali quelle del cardinale Alessandro Farnese, vice cancelliere di Santa Romana Chiesa. Nel 1734 Carlo di Borbone, figlio di Elisabetta Farnese, divenuto re di Napoli, portò con sé molti documenti, una parte dei quali vennero peraltro restituiti a Parma negli anni 1749, 1766-1767 e 1788-1789. Nel 1745 Carlo istituì un archivio segreto della prima segreteria di Stato e fece riordinare sia le serie di questo ufficio sia quelle dell'archivio farnesiano, le quali tuttavia vennero ripartite fra i due fondi in maniera non corretta.
Le carte, versate nel 1868, subirono enormi perdite per eventi bellici. Pergamene dell'Archivio farnesiano sono anche inserite nel
Diplomatico
. si segnalano qui, in ordine alfabetico, le voci principali che figurano nell'inventario
BIBL.: L. P. GACHARD, Les Archives fiarnésiennes à Naples, Bruxelles 1868; N. BARONE, Notizie riguardanti l'archivio farnesiano ora conservato nell'Archivio di Stato di Napoli, Napoli 1898; G.
COGGIOLA, Proposta di reintegrazione nella sede naturale dei fondi farnesiani degli archivi di Napoli e di Parma, in Rivista delle biblioteche e degli archivi, XIV (1901), pp. 75-83; A. CAUCHIE, L. VAN DER ESSEN, Inventaire des archives farnésiennes de Naples au point de vue de l'histoire des Pays-Bas catholiques, Bruxelles 1911; S. FERMI, Le carte farnesiane nell'Archivio di Stato di Napoli, in Bollettino storico piacentino, XXII (1927), pp. 12-17; G. TASSONI, Le carte farnesiane di Parma e di Napoli, Parma 1930; L. VAN DER ESSEN, Alexandre Farnése, prince de Parme, gouverneur général des Pays-Bas (1545-1592), Bruxelles 1933-1937, voll. 5; C. PEREZ BUSTAMANTE, Los archivos farnesianos de Napoles, in Boletin de la Academia de la historia [de Madrid], CV (1934), pp. 547-598; G. RAMACCIOTTI, Fonti archivistiche farnesiane-borboniche per la storia di Abruzzo, in Bullettino della regia deputazione abruzzese di storia patria, XXXII-XXXIV (1941-1943), pp. 83-113; R. MOSCATI, L'archivio della prima segreteria di Stato napoletana... cit.; G. RAMACCIOTTI, Le vicende storiche dell'archivio farnesiano a Napoli e la sua reale consistenza, Parma 1951; R. FILANGIERI DI CANDIDA, Perdita e ricuperi del diplomatico farnesiano, in Miscellanea archivistica Angelo Mercati, Città del Vaticano 1952, pp. 269-279; E. FALCONI, Le carte farnesiane di Napoli, in NAS, XIII (1953), pp. 37-40; ARCHIVIO DI STATO DI NAPOLI, Documenti per la storia del Concilio di Trento tratti dall'archivio farnesiano di Napoli, a cura di L. PESCATORE, Napoli 1966.