Le serie più antiche andarono distrutte in un saccheggio del 1354  [Cfr. Petri Azarii civis Novariensis Chronicon (copia sec. XVII in AS NOVARA, Manoscritti, 221, p. 105) ]  pezzi pregevoli furono concentrati nel fondo Manoscritti (in Raccolte e miscellanee ).
Il primo ordinamento risale al 1727; quello attuale, fondato su artificiose categorie, al 1852. Esso non rispecchia per nulla le istituzioni comunali e cela sotto nomi generici anche carte di magistrature diverse, quali ad esempio la cancelleria censuaria, l'università dei mercanti, il podestà e i consoli di giustizia, alcune delle quali sono state individuate e descritte a parte.