Con l'istituzione, avvenuta il 1 novembre 1807, dell'Archivio notarile di Padova, tutti gli atti dei notai padovani e del territorio, prima conservati per antica tradizione presso le rispettive cancellerie comunali, furono in quello concentrati.
Ciò valse naturalmente anche per i rogiti di Este. Riconsegnati nel 1947 al comune di Este, in vista della imminente creazione in loco della Sottosezione di Archivio, nel 1965 passavano definitivamente alla ormai istituita Sezione.