Il monastero, di origine antichissima, entrò a far parte, dal sec. XV, della congregazione sicula benedettina, che comprendeva anche i monasteri di S. Nicolò l'Arena  [Nel comune di Trabia]  Militello  [Nel comune di Militello Rosmarino in provincia di Messina]  S. Placido di Calonerò  [Nel comune di Messina]  e S. Maria di Gangi. Questa successivamente si unì alla congregazione cassinese della riforma di S. Giustina di Padova. In tale occasione vennero in S. Martino, insieme ad altri monaci del continente, i frati umiliati della casa di S. Guglielmo di Cremona, e ciò spiega l'esistenza nel tabulario di un gruppo di pergamene dette appunto Cremonesi.