Le disposizioni relative alla salute pubblica venivano in origine emanate dal tribunale del real patrimonio. Nel 1746 l'ufficio del magistrato di sanità, esistente fin dal 1575 alle dipendenze del senato di Palermo  [Le carte del senato si conservano presso l'archivio storico del comune di Palermo]  venne trasformato in suprema deputazione di salute, organo competente in materia per tutto il regno. La deputazione era presieduta dal pretore di Palermo ed aveva giurisdizione sulle deputazioni locali.