Molte carte riportate da Napoli, dove erano state trasferite, furono riordinate, per ordine del governo borbonico, negli anni 1762-1764 e dotate di un repertorio in tre volumi, ancor oggi utilizzabile. L'ufficio continuò a funzionare anche in periodo borbonico. Nella raccolta Mappe e disegni (vedi Raccolte e miscellanee, Mappe e disegni ), alcuni volumi si riferiscono ai confini del ducato, specialmente i volumi n. 31, 44, 45, 46, 47, mentre molte mappe sono ancora allegate alla documentazione