All'inizio del governo farnesiano furono istituiti corpi di milizia, che ebbero però un regolare ordinamento solo sotto i duchi Ottavio (1581) e Ranuccio I (12 sett. 1595).
Le milizie di Ottavio erano costituite solo dalla fanteria, divisa in compagnie comandate ciascuna da un capitano; comandante supremo era il governatore delle armi. Il duca Ranuccio I formò anche un corpo di cavalleria (1594) ed uno di bombardieri (1615), con a capo il maestro di campo generale, carica che, però, cadde presto in obsolescenza.
Il duca Odoardo istituì nel 1646 un luogotenente generale del principe, un luogotenente generale delle milizie ed un commissario generale, cariche che vennero in seguito abolite o trasformate. Negli ultimi tempi del governo farnesiano l'ordinamento militare si componeva di tre corpi: cavalleria, fanteria, bombardieri. Dal punto di vista dell'amministrazione l'ufficio principale era la collatereria generale con a capo il collaterale generale, così detto perché stava ad latus del sovrano, ne riceveva gli ordini, teneva i ruoli delle truppe e le formava con le leve