Pochi documenti restano a testimonianza delle vicende folignati anteriori al sec. XV, tanto che appare lecito pensare che qualche evento affatto straordinario abbia causato la distruzione dell'archivio. Nel 1478 comunque il consiglio generale deliberò di conservare le carte dell'archivio in una cassa; a tale scopo fece fare sei chiavi della serratura che distribuì ai sei priori della città nominandoli così custodi. Il fondo archivistico prese il nome di archivio delle sei chiavi e come tale viene tuttora individuato. Nel 1662, per ordine dei pubblici amministratori, venne riordinato e inventariato tutto il materiale contenuto nella cassa, lasciando in essa i documenti ritenuti più importanti e collocando gli altri in una credenza della cancelleria priorale, da cui il nome di archivio priorale dato in seguito alla parte più consistente dell'archivio storico  [Nel 1794 venne compilato un altro inventario delle scritture che si conservavano nella credenza delle sei chiavi; più tardi, nel 1802, fu redatto uno "spoglio delle carte che si conservavano nella segreteria priorale". Questi tre inventari sono conservati nell'archivio ]  Nel 1878 su suggerimento di Serafino Frenfanelli Cibo, sindaco di Foligno, venne data all'archivio una nuova sistemazione dividendolo nelle tre sezioni che tuttora permangono: unendo cioè ai due primi nuclei originari - archivio delle sei chiavi e archivio priorale - l'archivio moderno. All'archivio moderno - collocato nella parte III, Comuni, Foligno - vennero in seguito aggiunti, due nuovi depositi, il primo comprendente documenti dal 1860 al 1913, il secondo dal 1914 al 1928.