Ricostituiti nel sec. XVI dopo la definitiva soggezione di Pisa allo Stato fiorentino; con provvisione del 4 giugno 1557 furono definite le loro funzioni giudiziarie. Per notizie relative ad essi vedi anche Consoli del mare governatori di Pisa e Ufficio dei fossi poi dei fossi e comunità .
Con motuproprio 12 ott. 1782  [Bandi Toscana, cod. XI, n. XCIV]  vennero unite la cancelleria dell'auditore del commissariato e quella del tribunale dei consoli del mare: all'auditore del commissariato passarono le competenze già proprie dei consoli del mare, i quali divennero organo di appello per le cause dell'auditore, competenza in precedenza attribuita ai priori (vedi Commissario di Pisa ); ai consoli del mare venne anche attribuita la cognizione in seconda o terza istanza delle cause che prima spettavano all'auditore dell'ufficio dei fossi (soppresso con lo stesso motuproprio) quando in prima o seconda istanza aveva giudicato l'auditore del commissariato.