L'archivio comunale ebbe un primo sommario ordinamento dal cancelliere Bartolomeo Corsoni. Di questo ordinamento non è rimasta traccia se non nelle numerose filze miscellanee che sebbene " promiscue e legate alla rinfusa che non si poteva fare peggio ", come ebbe ad esprimersi il Fiorineschi, pur tuttavia ebbero il merito di salvare dalla dispersione i più antichi documenti. A partire dal 1821 il Ricci e il Fiorineschi diedero inizio, come si è detto, ad una nuova sistemazione degli atti. In essa non fu introdotta alcuna partizione corrispondente ai periodi storici accennati. Il materiale fu numerato ed elencato secondo l'ordine degli scaffali e delle stanze, non seguendo in molti casi neppure il criterio del raggruppamento per materia. Questo ordinamento assai difettoso fu conservato dal Chiti, il quale, avuto dal comune l'incarico di riordinare l'archivio nel 1899, si limitò a dare alle stampe  [CHITI Pistoia, in MAZZATINTI, Archivi III, pp. 33-62 ]  un elenco tratto dai cataloghi preesistenti, inserendo i numerosi documenti rinvenuti, privi di regolare segnatura, in miscellanee varie. L'archivio è stato successivamente riordinato ed è stato redatto un nuovo inventario a stampa nel quale gli atti prodotti da magistrature pistoiesi, anche se compresi in fondi diversi a causa dei maldestri riordinamenti cui si è fatto cenno, sono stati ricondotti nell'archivio del comune. Lo stesso criterio è stato seguito per la documentazione di pertinenza comunale, conservata anticamente per ragioni di sicurezza nella sagrestia dell'opera di S. Iacopo. Per quanto riguarda le attribuzioni comunali esercitate dall'opera stessa si è ritenuto utile fare gli opportuni rinvii alle serie complementari utili alla ricerca