Fin dai primi del sec. XIV, l'autonomia delle istituzioni comunali venne ad essere limitata dall'affermarsi del governo del signore, il quale almeno dal 1397 ebbe anche il titolo di vicario pro Sancta Romana Ecclesia ed era coadiuvato da un luogotenente e da dodici sapienti. Degli antichi consigli generale e di credenza rimasero il consiglio dei cento sapienti e quello degli anziani, cui spettava la nomina degli ufficiali del comune, che necessitava però dell'approvazione del signore. L'amministrazione della giustizia civile e penale era esercitata dal podestà e dai suoi giudici, mentre quella finanziaria era affidata al massarius. Il territorio del contado era separato in due giurisdizioni. verso la montagna si estendeva la contea di Val di Lamone, con propri statuti databili al 1413; la pianura comprendeva la città e il contado di Faenza con le numerose scholae, organismi civili minori, in corrispondenza con la organizzazione ecclesiastica parrocchiale, Sotto il cui nome erano riconosciuti gli insediamenti da venticinque a cento " fumanti " o nuclei familiari.
Questo assetto costituzionale e territoriale non mutò sostanzialmente quando Faenza, dopo le brevi parentesi dei governi di Cesare Borgia (1501-1503) e dei veneziani (1503-1509), entrò a far parte dello Stato pontificio, nell'ambito della provincia di Romagna.
L'autonomia cittadina era limitata dalla presenza del governatore, funzionario rappresentante gli ampi poteri del presidente di Romagna, o cardinale legato, residente a Ravenna.
Gli statuti del 1527  [ Magnificae civitatis Faventiae ordinamenta, Faventiae 1527 ]  e del 1601  [ Biblioteca comunale, ms. 300 ]  lasciarono sussistere il consiglio generale dei cento sapienti, in seno al quale agiva il consiglio degli anziani. Nel 1655 il cardinale legato Ottavio Aquaviva affiancò al consiglio un organo di controllo, la congregazione del buon governo, composto di diciotto consiglieri. Al podestà (o pretore) restò riservata l'amministrazione della giustizia civile e penale, mentre quella delle finanze era affidata al depositario, sotto il controllo di due regolatori. Rimase altresì la separazione del contado tra la montagna, con la contea di Brisighella e di val d'Amone (val di Lamone), e la pianura, con i quattro Castelli di Granarolo, Oriolo, Russi e Solarolo, retti da ufficiali nominati dal comune di Faenza