Nel 1228 un incendio devastò il palazzo del comune, distruggendo la quasi totalità delle scritture conservate. A parte ciò, non sembra debbano registrarsi altre perdite di rilievo. Tra la fine del'700 e il principio dell'800 Prospero Fontanesi, coadiuvato da altri archivisti, ordinò in parte l'archivio comunale, ma la definitiva sistemazione si rese necessaria allorché il materiale documentario, nel 1863, venne trasferito dal palazzo comunale nel cosiddetto palazzo San Giorgio. All'opera di riordinamento fu preposto Giovanni Livi che, nel 1877, presentava una dettagliata relazione alla giunta comunale  [cfr. G. LIVI, L'archivio municipale... citata ]  L'ordinamento da lui dato al fondo è poi stato mantenuto, salvo marginali mutamenti operati da Ippolito Malaguzzi Valeri, Alberto Catelani e, da ultimo, Umberto Dallari.
Durante il suo lavoro il Livi, avendo trovato riunite assieme diverse pergamene riguardanti comune, magistrati diversi, giurisdizione ecclesiastica e privati, non ritenne opportuno istituire un archivio diplomatico e ridistribuì secondo le varie pertinenze la documentazione membranacea di carattere comunale (della quale non è pertanto possibile dare la consistenza); pose invece in " appendice " le carte di origine ecclesiastica o di pertinenza di famiglie private, insieme ad altre scritture relative a diversi paesi della provincia e ad altre città d'Italia, pervenute all'Archivio per ragioni almeno apparentemente non istituzionali. va precisato, sempre a proposito dell'intervento del Livi, che a ragione furono inserite nel corpo del fondo alcune serie le quali, pur non sembrando di stretta pertinenza del comune, riguardano tuttavia attività in cui. esso si ingeriva, come ad esempio la congregazione sopra gli affari di S. Prospero e quella sopra gli affari della beata Vergine della Ghiara.
L'opera successiva del Dallari agli inizi di questo secolo si limitò, come si è detto, sul piano dell'ordinamento, a trascurabili modificazioni. Maggiormente curata fu invece l'inventariazione, i cui risultati vennero resi noti nel citato volume del Mazzatinti; talché per ogni fondo va sottintesa la specificazione " inventario sommario a stampa "