Aveva giurisdizione in materia marittima, portuale e sanitaria su tutta la costa tirrena, " mediterranea ", dello Stato (province di Civitavecchia, Roma e Frosinone). Da esso dipendevano la capitaneria del porto di Civitavecchia ed i commissariati locali di sanità e polizia dei porti. Presidente del magistrato centrale era il delegato apostolico di Civitavecchia.
Ad Ancona esisteva l'ispettorato, poi magistrato centrale di sanità e polizia marittima, competente su tutta la costa adriatica  [L'archivio del magistrato di Ancona non ci è pervenuto]