Fu fondato dal francescano Giovanni Maltei da Calvi e fu approvato da Paolo III con la bolla Ad sacram Beati Petri sedem del 9 sett. 1539. Come tutte le istituzioni di carità anche il monte fu gestito da una confraternita denominata S. Maria del sacro monte di pietà. Nel corso del XVI secolo, soprattutto ad opera dei cardinali protettori, Francesco Quinones, Rodolfo Pio di Carpi e nel 1564 Carlo Borromeo, la confraternita e il monte ottennero molti riconoscimenti pontifici. Al cardinale Borromeo Sono attribuiti gli statuti redatti nel 1565  [D. TAMILIA, Il sacro Monte... cit. in bibl., pp. 119-137 [pubblica lo statuto che si conserva nel cod. 6203 della Biblioteca vaticana]]  In seguito al chirografo di Benedetto XIV del 31 lu. 1743 furono trasferite presso il monte la Depositeria della Camera apostolica e la Tesoreria segreta