L'archivio del comune, formatosi nei secc. XI e XII intorno ad un primitivo nucleo documentario degli atti della Compagna e dei suoi consoli, cominciò a svilupparsi con il raggiungimento della completa autonomia comunale nel 1191, articolandosi nelle due distinte cancellerie degli anziani, massima magistratura cittadina con competenze politiche, amministrative e giudiziarie, e dei maestri razionali, organo collegiale con funzione di amministrazione e controllo finanziario. Nella seconda metà del sec. XIV si aggiunse a queste due prime una terza cancelleria, del podestà forestiero e delle due curie giudiziarie, civile e dei malefizi, mentre si costituivano uffici particolari competenti in settori specifici dell'amministrazione cittadina sottratti mano a mano agli anziani o ai maestri razionali.
L'archivio presenta gravi lacune per il periodo 1218-1314, a causa delle distruzioni operate durante le lotte fra popolani e nobili nel 1316. A quest'anno risale anche il primo ordinamento completo dell'archivio ed il suo inventario. La cancelleria degli anziani fu poi ordinata nuovamente ed inventariata nel 1336 e nel 1745 (vedi i registri della serie corrispondente ) e quella dei maestri razionali nel 1712, nel 1721 e nel 1751. Nel 1772, riunite in un unico archivio pubblico le carte delle tre cancellerie e degli uffici comunali preposti all'assistenza pubblica, l'archivista Gian Tommaso Belloro iniziò un ordinamento generale che non riuscì però a condurre a termine; ulteriori riordinamenti ed inventariazioni parziali furono compiuti fra il 1836 e il 1842, ed in tali occasioni parte dell'archivio fu ripartito in categorie create artificiosamente secondo i modelli dell'epoca.
La documentazione posteriore al 1797 è qui costituita per la maggior parte da pratiche di liquidazione degli uffici soppressi per l'introduzione avvenuta in quell'anno del sistema amministrativo e giudiziario di derivazione francese