Dalla seconda metà del sec. XIII il concistoro divenne il supremo organo di governo senese al quale erano subordinate le altre magistrature cittadine. Le sue origini si possono far risalire all'epoca del comune vescovile e in particolare al collegio di consoli che affiancava il vescovo nel governo della città. Decaduto il potere del vescovo, il collegio dei consoli Fesse il comune con l'ausilio di altre magistrature. Dal collegio dei consoli derivò probabilmente, con varie trasformazioni, il concistoro. Il numero delle persone che lo costituivano variò con molta frequenza, in relazione anche alle vicende politiche interne della città. A partire dalla seconda metà del sec. XIII, infatti, si succedettero a Siena vari governi che presero il nome dal numero dei componenti il concistoro: Trentasei capitani di parte, Quindici governatori e difensori, Nove priori e difensori ed altri. Quando si dovevano trattare affari di particolare importanza, il concistoro si adunava insieme ad altre magistrature cittadine, i cosiddetti ordines: le magistrature o i collegi ammessi a partecipare non furono sempre gli stessi, ma variarono anche essi in relazione alle vicende politiche della città. Il concistoro, pur con modificazioni nella composizione e nel funzionamento, mantenne inalterato il suo prestigio politico fino alla metà del sec. XV. A partire da questa epoca una nuova magistratura, la balia, acquistò sempre maggiore importanza nel governo della città fino ad assumere molte delle prerogative del concistoro, al quale rimasero, oltre al disbrigo degli affari di ordinaria amministrazione, competenze in materia di giustizia civile e limitate competenze in materia criminale.
Con la riforma del 1561  [Legislazione toscana, 1802, t. IV, p. 177]  il concistoro continuò a sussistere senza sostanziali mutamenti.
Con gli editti 28 ott. 1777  [Bandi Toscana, cod. VIII, n. CXXX e n. CXXXII]  gli fu attribuita anche la giurisdizione civile già spettante al soppresso giudice ordinario. Rimase attivo fino alla dominazione francese