Attiva a partire dal sec. XIII, la balia era una commissione costituita da cittadini nominati dal consiglio generale o dal concistoro e incaricati di trattare affari particolari per un periodo di tempo rigorosamente limitato. Aveva quindi carattere straordinario e di solito si riuniva e deliberava insieme al concistoro. Durante il sec. XIV lo sviluppo della balia fu notevole e approdò alla designazione di " balie generali " con poteri sempre più estesi, anche se limitati nel tempo. Nel corso del sec. XV, poi, venne approntato un regolamento che rese di fatto la balia una magistratura permanente, sempre più svincolata dall'autorità del concistoro; rimasero, tuttavia, alcune limitazioni al suo potere, che doveva essere conferito sempre e comunque dal consiglio generale, e si mantenne formalmente il carattere straordinario della magistratura, di volta in volta rinnovata. Con l'annessione al ducato mediceo fu trasformata in una magistratura ordinaria ed ebbe il compito di trattare gli affari che esulavano dalla normale amministrazione; i suoi membri venivano nominati direttamente dal duca e la durata della carica fu stabilmente fissata in un anno. L'avvento dei Lorena provocò notevoli limitazioni del potere della balia, che fu soppressa da Pietro Leopoldo nel 1786