Il territorio del comune di Siena comprendeva, fin dalle sue origini, vasti appezzamenti di terreno adibiti a pascolo, di cui si servivano anche pastori provenienti da zone confinanti o assai lontane. Per lo sfruttamento di questi terreni - prevalentemente ubicati in Maremma venne approntato un sistema di tariffe amministrato da un ufficio detto dogana dei paschi.
Era formato da un camarlingo e da nove ufficiali fra i quali veniva nominato un capo vergaro residente in Maremma, che aveva alle dipendenze un gruppo di vergari con funzioni di controllo sul territorio e sull'osservanza delle leggi. Una parte dei proventi della dogana dei paschi confluiva nel monte dei paschi secondo un meccanismo analogo a quello della dogana del sale, alla quale per un certo periodo i paschi vennero accorpati (vedi Dogana del sale poi Magistrato del sale e grascia ). In epoca medicea la struttura dell'ufficio subì alcune modifiche e dalle rendite della dogana poté trarsi quel capitale che consentì al monte dei paschi di trasformarsi in una vera e propria banca.
Questa magistratura fu soppressa da Pietro Leopoldo nel 1778