Durante il breve periodo della dominazione spagnola, alle magistrature furono preposti funzionari nominati da Carlo V. Dopo l'annessione di Siena al ducato mediceo, con la riforma del 1561  [Legislazione toscana, 1802, t. IV, p. 116]  Cosimo I istituì un governatore con ampie funzioni politiche e amministrative. In particolare il rappresentante del granduca - nominato dal principe stesso - sovrintendeva a tutte le magistrature senesi, vigilava sull'ordine pubblico, emanava bandi di valore normativo.
Aveva inoltre il controllo su tutte le sentenze dei tribunali. Il suo operato era sottoposto all'approvazione del granduca e la politica che svolgeva era costantemente concordata con Firenze. Affiancavano il governatore altri tre rappresentanti granducali, il procuratore fiscale, l'auditore e il depositario che, dal 13 ottobre 1603  [Balia, 189, cc. 145-146]  costituirono un organo denominato consulta. La consulta operava insieme al governatore e lo sostituiva nel caso il suo ufficio rimanesse vacante. Nel 1731, con l'estinzione di casa Medici, la consulta resse lo Stato senese durante il periodo della guerra per la successione d'Austria, conclusa la quale il granducato di Toscana passò alla dinastia lorenese. La consulta che sotto i Lorena rimase, accanto al governatore, come supremo organo di controllo politico del territorio senese, fu soppressa nel 1808