Istituito nel 1915 come tribunale militare marittimo di guerra, divenne tribunale militare territoriale con r.d. 9 sett. 1941, n. 1022, con giurisdizione su tutte le province della Puglia e della Basilicata. venne soppresso con d.p.r. 14 febbr. 1964, n. 199, che ne trasferì le competenze al tribunale militare territoriale di Bari