Il ministero della guerra fu riorganizzato con r.d. 9 mag. 1860  [Raccolta regno Sardegna, 1860, n. 4188]  in un segretariato generale del quale facevano parte la divisione gabinetto, la divisione istituti militari, la divisione personale servizio interno del ministero, la divisione matricola, la divisione archivi e tre direzioni generali: armi di artiglieria e cavalleria; armi speciali; amministrazione militare. Subito dopo l'unità, con r.d. 18 ag. 1861, n. 188, fu istituita la direzione generale delle leve bassa forza e matricola, fu soppressa la divisione matricola, mentre quella degli istituti militari divenne divisione giustizia e istituti militari. Con r.d. 20 febbr. 1862, n. 477, la direzione generale amministrazione militare divenne direzione generale servizi amministrativi e fu istituita la direzione generale di contabilità soppressa con r.d. 18 dic. 1864, n. 2062, che istituiva al suo posto la divisione di contabilità centrale presso il segretariato generale. Un nuovo ordinamento del ministero, disposto con r.d. 17 febbr. 1867, n. 3537, si limitò ad una ristrutturazione delle divisioni delle varie direzioni generali, alla creazione di un ufficio militare e corvo di Stato maggiore presso il segretariato generale, e al cambiamento di denominazione della direzione generale delle armi speciali in direzione di artiglieria e genio