Il 5 ag. 1545 il senato deliberò di tener sempre disponibile una flotta di riserva di cento galee sottili, pronta ad essere allestita in ogni caso di emergenza, ed istituì uno speciale collegio alla milizia da mar, incaricato di provvedere all'arruolamento delle ciurme; queste dovevano esser composte da uomini liberi, forniti dai ceti popolari della Dominante e del Dogado riuniti in arti, scuole laiche (tra queste furono dichiarate comprese con parte del senato del 1587, 19 giu., anche le scuole grandi e dette grandi) e traghetti, con il contributo anche della Terraferma.
oltre a vari magistrati, facevano parte del collegio quattro provveditori e sedici governatori allora istituiti, che insieme ai rappresentanti di varie magistrature (armar, arsenale, artiglierie) e poi da soli ebbero titolo e funzioni di presidenti e ne furono l'organo esecutivo, con competenze anche proprie. La composizione del collegio fu più volte modificata; nel 1563 (27 nov. senato; 28 maggior consiglio) esso fu ristrutturato e i provveditori ridotti a 2, portati a 3 nel 1585 (17 ott., senato); questi avevano giurisdizione, dal i587 (7 febbr., senato) anche criminale.
Nella seconda metà del secolo la prestazione personale del servizio in armata finì con l'essere sostituita (salvo occorrenze straordinarie) da un'imposta (tansa insensibile), " gettata " globalmente su ciascuna corporazione o comunità che la ripartiva poi al proprio interno, dal 1713 (20 sett., senato) con vincolo solidale tra i membri. Il magistrato riscosse in seguito anche il taglione, gravante sui redditi di mestieri e professioni e su quelli della mercatura. A tale scopo fu nominato nel 1723 (28 ag., senato) un quarto presidente aggiunto. Per assicurare il gettito di tali imposte, che confluivano nel deposito dei galeotti, voluto dal consiglio di dieci il 7 febbr. 1582 e conservato in zecca, i provveditori esercitavano il controllo finanziario sui corpi obbligati, direttamente a Venezia e nel Dogado, tramite i rettori competenti per quanto concerneva la Terraferma. Nel 1643 (31 lu., senato) essi furono incaricati di rivedere le casse delle undici comunità del dogado e quelle delle scuole grandi e dal 1695 (5 febbr., senato) controllarono l'intera economia delle predette comunità di concerto con i revisori e regolatori delle entrate pubbliche in zecca, sollevati da tale obbligo nel 1712 (27 ag., senato). Dal 1724 (27 sett., senato) al 1762 vi fu saltuariamente un inquisitore alla milizia da mar che esercitava le funzioni di controllo indicate dal titolo.
Dopo la caduta della repubblica (1798-1805) talune funzioni del magistrato vennero assunte dalle deputazioni per la disciplina dei traghetti e per l'esazione della tansa e taglione, dipendenti dal regio Capitanato di Venezia e del Dogado , e dalla Congregazione nobile delegata .