Gli antichi archivi clodiensi andarono quasi completamente distrutti nella guerra veneto-genovese del 1378-1381, detta guerra di Chioggia. Quello successivo del podestà veneziano si trova presso il comune, salvo una parte conservata nell'AS Venezia con pochi atti di quello della comunità. La separazione avvenne però senza un criterio particolare, anzi le serie si intersecano e proseguono dall'una all'altra sede, integrando a vicenda le rispettive lacune  [Inventario sommario del materiale esistente nell'Archivio comunale di Chioggia in P. G. LOMBARDO, Cenno sull'archivio antico di Chioggia, in Archivio veneto, s. V, CXV (1980), pp. 127-145; da segnalare "Libri dei consigli della comunità, conservati ante bellum" 1275-1802, regg. 23 "Atti civili e criminali del podestà" 1452-1797, bb. 578: con lacune "Raspe" 1563-1795, regg. 15]  .
Serie principali, lacunose