Con decreto 25 lu. 1806  [Bollettino regno d'Italia, 1806, n. 145]  furono riunite tutte le attribuzioni, già di spettanza delle varie magistrature sulle acque, in quest'unico organo che era alle dirette dipendenze della direzione generale d'acque e strade con sede in Milano. Con successivo decreto 3 sett. 1806  [Ibid., 1806, n. 185]  si stabilì che l'ufficio fosse composto dai rappresentanti - da loro nominati - dei magistrati d'acque e strade, organi previsti dal decreto del 6 mag. 1806  [Ibid., 1806, n. 73]  nei dipartimenti veneti attraversati dai maggiori fiumi: due per il dipartimento dell'Adriatico ed uno per quelli dell'Adige, Basso Po, Brenta, Bacchiglione e Tagliamento.
Il magistrato centrale era presieduto dal prefetto dell'Adriatico - assistito ed eventualmente sostituito da un ispettore generale - ed aveva specialmente il compito di giudicare " se i lavori particolari di un dipartimento siano innocui al sistema generale delle acque, all'uso della navigazione ed alla gelosa conservazione della Laguna ".
Cessò in seguito al decreto 6 mag. 1808  [Ibid., 1808, n. 120]  e le sue attribuzioni vennero assunte dalla direzione generale di acque e strade in Milano .