Istituita nel 1560, in seguito alle riforme dell'ordinamento giudiziario introdotte da Emanuele Filiberto, operò fino al 1568, quando con editto 30 marzo le funzioni del prefetto furono attribuite al collegio dei dottori della città. Fu ricostituita a seguito delle regie costituzioni del 1723. Con regie patenti del 15 dic. 1724 fu unita alla prefettura la giudicatura di Vercelli. La prefettura fu soppressa nel 1801 in seguito all'occupazione francese