Due distinte soppressioni colpirono questo centro monastico nella seconda metà del sec. XVIII: nel 1770 la soppressione decisa dal senato veneto con decreto del 5 dicembre, che colpiva il monastero, ma escludeva la mensa abbaziale, la quale aveva amministrazione separata; nel 1797 la soppressione napoleonica, che incamerò anche il patrimonio della mensa abbaziale  [Cfr. G. SANCASSANI, Le fonti archivistiche relative A monastero e all'abbazia di S. Zeno di Verona, in Studi Zenoniani, Verona 1974, pp. 51-63 ]  Della prima soppressione rimane solo la documentazione trasmessa dall'AS Venezia, e cioè 560 pergamene (1047-1756 e una copia del sec. XI datata 985) nonché bb. 27 e voll. 15 (1378-1777). Della seconda soppressione rimane invece una cospicua documentazione qui descritta assieme alla prima. Va avvertito però chequest'ultima documentazione è di fatto tuttora divisa in diversi spezzoni. I cospicui beni della mensa abbaziale vennero infatti divisi tra l'orfanotrofio femminile e l'Ospedale civile, con la conseguente spartizione delle relative carte. Nell'orfanotrofio femminile, di cui qui non si conserva l'archivio, confluirono complessivamente 101 pergamene (880-1720) - cioè, di massima, i diplomi dell'abbazia - nonché 206 registri (1213-1798) d'amministrazione del suo patrimonio e 3 repertori. Nell' Ospedale civile maggiore confluirono altre 4.428 pergamene (762-1747). Infine 21 pergamene (894, 1187, 1200-1545) si trovano nel fondo del Monte di pietà . Vedi anche Corporazioni religiose, Atti incamerati in applicazione delle leggi eversive del periodo napoleonico, Corporazioni religiose soppresse in applicazione dei decreti 8 giugno 1805 e 28 luglio 1806, S. Zeno e Ss. Trinità .