Sulla scorta di una prima articolazione attuata con decreto 16 agosto 1806, n. 141, fu organizzata dalla legge 24 febbraio 1809, n. 290 alle dipendenze del ministro delle finanze un'amministrazione generale dei dazi indiretti per le dogane, i sali, i dazi di consumo e i diritti riuniti (art. 1).
Erano previste inoltre dieci direzioni dipartimentali per il servizio delle dogane, sali e diritti riuniti: in Napoli (due), Aquila, Bari, Chieti, Cosenza, Lecce, Manfredonia, Monteleone, Potenza (art. 23).
Si istituivano poi cinque direzioni particolari: una per i dazi di consumo di Napoli e dei suoi casali; una per la provvista dei sali delle province di Napoli, di Terra di Lavoro e dei due Principati; una per la confezione dei sali nelle saline di Barletta; una per quelle di Avetrana in terra d'Otranto; una per lo scavo delle miniere dei sali nelle Calabrie (artt. 24-25 ).
Le direzioni erano composte da due o più ispezioni e da distretti di percezione; i distretti da una ricevitoria e da un numero di sottoricevitorie proporzionato all'estensione del territorio (art. 27).
I direttori che si avvalevano di "burò" (art. 29), vigilavano sulla percezione dei diritti doganali e sul rispetto della date di versamento degli introiti nelle casse dei ricevitori (art. 30).
Con il decreto 28 ottobre 1810, n. 769 le competenze dell'amministrazione furono ristrette alle dogane e ai diritti di consumo, mentre il successivo decreto 7 novembre 1810, n. 786 ridusse da dieci a sette le direzioni dipartimentali, con compiti ora limitati al solo servizio delle dogane (artt. 1-2) e nelle seguenti sedi: Napoli (due), Chieti, Barletta, Taranto, Crotone, Monteleone.