Costituite con decreto 6 marzo 1806 (non inserito nella  Collezione degli editti, determinazioni, decreti e leggi di S. M. dà 15 febbraio à 31 dicembre 1806  ma pubblicato su «Il Monitore Napolitano», n. 4, 11 marzo 1806) nella considerazione che "... la sicurezza dell'Armata e la tranquillità dello Stato esigono pronte misure per distruggere i briganti...", e in numero pari a quello dei Corpi di armata, composte da sette ufficiali (art. 2), pronunciavano giudizi inappellabili, da eseguirsi entro le ventiquattrore (art. 4).
Il decreto 1 luglio 1809, n. 447, pur prevedendo che molti delitti fossero giudicati da Corti speciali, conservava alle commissioni la competenza per i delitti di spionaggio militare (art. 2) e per quelli di brigantaggio "quando l'urgenza del bisogno ci farà giudicar necessaria questa misura di rigore" (art. 3).
"Efficaci mezzi per la intera distruzione de' briganti in tutto il regno" furono quindi apprestati dall'omonimo decreto 1 agosto 1809, n. 430: a norma dell'art. 1 i briganti presi con le armi in mano, dovevano essere giudicati dalle commissioni militari, dichiarati "forgiudicati" e, previa verifica dei fatti, condannati a morte entro le ventiquattrore (art. 3).
Le commissioni furono abolite dal decreto 27 maggio 1810, n. 652 che ne trasferì le funzioni alle citate Corti speciali ma furono poi ristabilite in Cosenza e in Monteleone con decreto 24 settembre 1810, n. 742 e in Salerno con decreto 22 ottobre 1812, n. 1519.
Il decreto 17 dicembre 1812, n. 1560 prescrisse poi che le Commissioni si componessero di "sette giudici votanti, oltre del relatore che non avrà voto, e del cancelliere" (art. 1), mentre per le violazioni delle leggi sanitarie il decreto 29 luglio 1813, n. 1867 istituì commissioni militari da nominarsi dal comandante militare della provincia su richiesta del direttore generale della salute per la provincia di Napoli e degli Intendenti per le altre province.
L'ulteriore decreto 11 maggio 1814, n. 2107 sancì infine la necessità di una particolare autorizzazione reale per l'istituzione di nuove commissioni (art. 1) e ne fissò le competenze: arruolamento a favore di nemici, diserzione dei militari, spionaggio militare, emigrazione al nemico con armi, brigantaggio con armi in mano (art. 2), non derogando peraltro alle disposizioni del citato decreto 29 luglio n. 1867 (art. 7).