Ciascuno dei due domini di cui era composto il regno Lombardo-Veneto aveva un governo con sede rispettivamente a Milano e a Venezia. La creazione dei due governi e le attribuzioni di essi furono annunciate nella patente sovrana 7 apr. 1815 (  Raccolta governo Lombardia  , 1815, n. 22, art. 6), con la quale il Lombardo-Veneto era eretto in regno e affidato a un viceré, ma le attribuzioni specifiche di essi furono determinate in un “Regolamento per il governo e il senato politico” emanato lo stesso anno. Il governo lombardo venne costituito a datare dal 2 gennaio 1816, con la cessazione della reggenza provvisoria avvenuta il medesimo giorno (notificazione del governatore F. Di Saurau in data 2 genn. 1816,  Raccolta governo Lombardia  , 1816, n. 1. Per la cessazione del governo provvisorio di Venezia vedi  Collezione province venete  1815, n. 32, art. 6). A capo di ciascuno dei due governi era un governatore, che presiedeva il collegio dei consiglieri di governo, donde la denominazione di presidenza di governo data al suo ufficio. In assenza dei governatori ne facevano le funzioni i rispettivi vicepresidenti di governo. A ciascun consigliere di governo -una decina in tutto - era affidata la direzione di una determinata materia amministrativa (quali sanità, censo, istruzione pubblica, acque e strade, e via dicendo). Per il disbrigo degli affari il governo si avvaleva di una segreteria, composta di un cospicuo numero di segretari, vice-segretari e praticanti di concetto, di un ufficio protocollo, di un ufficio di traduttori, di un ufficio copia e di un ufficio spedizione.
Il governo dipendeva dai dicasteri aulici viennesi, ai quali erano riservati in tutto o in parte le competenze e le decisioni in settori della pubblica amministrazione quali l’esercito, la giustizia, la polizia, l’istruzione superiore, la politica ecclesiastica.
Erano uffici “sussidiari” del governo l’ufficio fiscale e la ragioneria centrale; ne dipendevano a livello centrale l’ufficio centrale di censura ( vedi ), la direzione generale delle pubbliche costruzioni ( vedi ), la direzione generale degli archivi, il protomedico generale a Venezia, il magistrato di sanità marittima ed altri uffici. La congregazione centrale non dipendeva dal governo, ma era sottoposta alla sua sorveglianza. Organi di governo a livello provinciale e distrettuale erano rispettivamente la delegazione provinciale ( vedi ) e il commissario distrettuale ( vedi ).
Le competenze dei governi di Milano e Venezia riguardavano prevalentemente l’istruzione secondaria, il servizio sanitario, l’agricoltura, l’industria, il commercio, la manutenzione delle strade e delle vie d’acqua, i lavori pubblici, la nomina del personale subalterno degli uffici pubblici, il reclutamento, la vigilanza sugli enti locali. Le competenze del governo in altre materie - come le finanze, gli affari di polizia ed altre - trovavano un limite nel fatto che su queste materie esercitava una stretta sorveglianza l’amministrazione superiore viennese.
In base al regolamento del 1815 al governatore-presidente spettava la trattazione degli affari urgenti e riservati che non potevano essere portati al consiglio o trattati collegialmente; egli aveva una propria cancelleria, denominata cancelleria della presidenza del governo, con due sezioni, una per gli atti ordinari e una per gli atti riservati. I singoli consiglieri trattavano e decidevano sugli affari correnti di ordinaria amministrazione, mentre le questioni più importanti –indirizzi di politica generale, interpretazione di leggi e norme e via dicendo- venivano trattate collegialmente dal senato politico o consiglio di governo, che decideva a maggioranza; per le materie finanziarie il governo si costituì invece fino al 1830 in senato governativo di finanza ( vedi ).
I governi di Milano e Venezia dovettero sospendere la loro attività con la formazione dei governi provvisori di Milano e di Venezia nel marzo 1848 e non furono ristabiliti al ritorno degli austriaci (cfr. notificazione 27 ag. 1849,  Raccolta governi Milano e Venezia  , 1849, parte I, n° 44).