Dopo il 1848 anche nel Lombardo-Veneto, come negli altri domini asburgici, vennero istituite - in luogo dei precedenti governi - le luogotenenze, che erano strettamente subordinate sia al governo generale per gli affari civili e militari del regno lombardo-veneto, sia ai ministeri viennesi.
Istituite con circolare 3 nov. 1849 (cfr. l’attivazione per il Veneto, con notificazione 9 nov. 1849 nella  Raccolta governi Milano e Venezia  , 1849, parte I, n° 62) furono ulteriormente regolate con le circolari del 31 dic. 1850 e del 30 mar. 1856 (  Bollettino Venezia  , 1851, n° 19; 1856, parte I, n° 41, «con cui vengono stabilite le basi delle definitiva organizzazione delle autorità politico-amministrative nel regno Lombardo-Veneto»). Avevano sede rispettivamente a Milano e a Venezia ed erano presiedute da un luogotenente, assistito da un consiglio di luogotenenza formato, analogamente al precedente senato politico o governo, dai capi dei dipartimenti o sezioni della luogotenenza che avevano titolo di consiglieri di luogotenenza. Oltre alle sezioni la luogotenenza aveva un ufficio per gli affari riservati (cancelleria riservata).
Le competenze furono in parte diverse da quelle dei precedenti governi, in primo luogo perché molte delle materie precedentemente riservate a deliberazioni collegiali vennero rimesse alla decisione del luogotenente generale, ma soprattutto perché vennero avocati dall’amministrazione viennese numerosi settori della pubblica amministrazione che prima dipendevano dai governi.