Le prefetture delle finanze vennero istituite in Lombardia e nel Veneto a seguito della sovrana risoluzione 29 lu. 1850 (cfr. notificazione 30 mar. 1851,  Bollettino Lombardia  , 1851, n° 107 e  Bollettino Venezia  , 1851, n° 98) ma entrarono in funzione solo con il 15 apr. 1851; nel frattempo funzionò in Verona, con analoghe competenze, una direzione superiore delle finanze con una sezione per la Lombardia ed una per il Veneto; gli atti di questa magistratura confluirono di massima negli archivi delle prefetture delle finanze di Milano e Venezia.
A capo dell’ufficio vi era un prefetto col titolo e il carattere di consigliere ministeriale: in base a sovrana risoluzione 13 febbr. 1852, le notificazioni dell’8 e dell’11 marzo successivi stabilirono che il luogotenente assumesse le funzioni di presidente della prefettura, e che a questa passassero anche gli affari relativi alle imposte dirette prima attribuite alla luogotenenza (  ibid.  , 1852, n° 77;  Bollettino Lombardia  , 1852, n° 138); l’amministrazione veniva pertanto a dipendere direttamente dall’amministrazione centrale viennese: dipendenza che divenne assoluta dopo il 1856, quando il luogotenente non fu più presidente e il prefetto corrispose direttamente e unicamente col ministero delle finanze. Per il resto la prefettura delle finanze aveva competenze analoghe a quelle del disciolto magistrato camerale ( vedi ), sovrintendendo agli affari relativi alle imposte indirette, al demanio, ai beni della corona, ai boschi, alle privative, alle miniere, alla zecca.
La prefettura veneta ebbe dopo il 1859 anche la rappresentanza della prefettura del monte del regno lombardo-veneto ( vedi ), fino ad allora dipendente dalla prefettura delle finanze di Milano; in Lombardia la magistratura fu mantenuta in vita per qualche tempo anche dopo l’annessione, sino al 1860 (decr. 15 dic. 1860, n° 4483).
Era ordinata in otto divisioni o dipartimenti, a capo dei quali stava un consigliere di prefettura; le delibere erano in genere collegiali. Gli otto dipartimenti della prefettura avevano competenza sulle seguenti materie: Beni demaniali, Privative (sali e tabacchi), Dogane e guardia di finanza, Dazio consumo, Imposta di bollo, Imposta sulla rendita, Casse pubbliche e imposte dirette, Beni della corona e personali.
Dipendevano dalle prefetture delle finanze, oltre alla intendenza provinciale e agli uffici delle ipoteche, l’ufficio fiscale, poi procura di finanza ( vedi ), la direzione del censo e delle imposte dirette ( vedi ), la stamperia, la direzione del lotto ( vedi ), l’ispettorato della fabbrica dei tabacchi, la direzione della zecca ( vedi ).