Il 19 giugno 1819 veniva approvato un regolamento di procedura criminale per i tribunali militari del Granducato (  Bandi Toscana  , cod. 26, n. LXXIV).
Auditori militari, con competenza giurisdizionale civile e criminale nelle cause tra militari, o nelle quali un militare fosse coinvolto, erano costituiti anche in epoca leopoldina e successiva.
Il regolamento del 1819 determinava quali soggetti avessero diritto al privilegio del foro militare e fissava tre tribunali militari (presso le guarnigioni militari di Firenze, di Livorno, di Portoferraio), in ognuno dei quali era presente un auditore militare scelto nella classe degli impiegati dell'ordine giudiziario. Le funzioni dell’auditore erano anzitutto quelle di consultore legale presso il rispettivo comandante del corpo, con proposizione di pene per i trasgressori, e di relatore e giudice negli affari da risolversi dai consigli di guerra, oltre a quelle di compilazione e direzione di atti "economici" di ogni specie.
Il regolamento stabiliva poi la procedura da seguirsi nella istruzione e trattazione dei vari procedimenti. I consigli di guerra (stabiliti nelle tre guarnigioni di Firenze, Livorno e Portoferraio) erano composti di sei giudici, cioè cinque giudici militari e l'auditore della guarnigione. In alcuni casi era ammesso un appello per revisione presso il consiglio di revisione di Firenze composto da sette militari nominati dal granduca e dal terzo auditore della ruota criminale con funzioni di auditore militare. L'auditore militare di Firenze era in diretto contatto con il dipartimento di guerra e con i dipartimenti di giustizia oltre ad avere una funzione di sorveglianza sugli auditori di Livorno e Portoferraio, ai quali competevano precisi obblighi di compilazione di relazioni periodiche e di invio delle copie delle sentenze emanate dai consigli di guerra e delle note dei detenuti. Vi erano alcune cause che erano di competenza esclusiva dell'auditore militare di Firenze. Un motuproprio 25 marzo 1815 (  Bandi Toscana  , cod. 22, n. LXVIII) determinava una sorta di codice penale per i militari anche per quanto concerneva i momenti e tempi di guerra e di combattimento. Stabiliva anche le varie pene "economiche" da erogarsi, a seconda delle diverse mancanze disciplinari, dai comandanti dei corpi, e dai capitani delle compagnie, pene per alcune delle quali era previsto un esame e parere preliminare dell'auditore militare, o anche un giudizio dei consigli di guerra. Il motuproprio del 1815 elencava infine le pene di competenza dei consigli di guerra. Un motuproprio 23 settembre 1833 (  Bandi Toscana  , cod. 40, n. LI) stabiliva il regolamento organico per i militari cacciatori volontari della costa e le competenze giurisdizionali, in tal senso, dei comandanti dei corpi e dei consigli di guerra.
Un nuovo codice penale militare veniva emanato con decreto 9 marzo 1856 (  Bandi Toscana  , cod. 63, nn. XXX e XXXI); in esso si individuavano, tra l'altro, i soggetti della giurisdizione militare (iscritti ai ruoli militari in attività, appartenenti alla milizia, ufficiali in disponibilità o in ritiro, ufficiali e sottoufficiali e semplici soldati in gita o in permesso, cacciatori volontari di costa o di frontiera, prigionieri di guerra, reclute, persone addette al servizio della truppa).
Con decreto 12 agosto 1856 (  Bandi Toscana  , cod. 63, nn. LXX e LXXI) si approvava il nuovo regolamento organico di procedura penale militare, che attribuiva la giurisdizione militare agli auditori militari, all'auditore militare generale, ai consigli di corpo, ai consigli di guerra permanenti, al consiglio supremo militare.
Gli auditori militari oltre a giudicare delitti di minore entità per militari e ufficiali, partecipavano come giudici ai consigli di guerra e ai consigli di corpo, notificavano e eseguivano sentenze e decreti emessi dai vari organi giurisdizionali, davano avviso all'auditore generale dei delitti conosciuti, facevano i primi atti istruttori dei processi, e avevano compiti e ingerenze di ufficiali di polizia giudiziaria. Con altro provvedimento 12 agosto 1856 (  Bandi Toscana  , cod. 63, n. LXXII) veniva determinato il ruolo degli uffici dell'auditore militare generale di Firenze, e degli auditori militari di Firenze, Livorno e Portoferraio (un auditore militare era stato istituito anche presso il reggimento della gendarmeria).
Oltre all'auditore erano previsti, in ogni ufficio, un sostituto, un cancelliere, un coadiutore, un commesso. Un auditore militare generale, un auditore militare e un suo sostituto, oltre al cancelliere, al coadiutore e al segretario erano determinati per l'ufficio generale di Firenze. I consigli di guerra permanenti erano stabiliti in Firenze, Livorno e Portoferraio; il circondario giurisdizionale fiorentino si componeva dei compartimenti di Firenze, Siena, Arezzo; quello di Livorno dei compartimenti di Livorno, Lucca, Pisa e Grosseto; quello di Portoferraio del circondario del governo dell'isola d'Elba.
Per quanto concerneva le cause civili in cui erano interessati militari, nel caso non eccedessero le lire settanta erano di competenza esclusiva degli auditori militari. Le altre cause e affari civili erano trattate dai tribunali ordinari.