Un commissario pontificio straordinario "per le province di Marittima e Campagna e la legazione di Velletri" (Domenico Giraud) fu nominato da Pio IX alla fine dell'aprile 1849 [Archivio Segreto Vaticano, Segreteria di Stato, rubrica 165, Gaeta e Portici, fasc. 10, f. 1. Le nomine dei commissari furono effettuate con dispacci della Segreteria di Stato, appunto da Gaeta] , ed inviato al seguito delle truppe napoletane che varcarono i confini meridionali dello Stato già pontificio e marciarono su Velletri e i colli Albani diretti verso Roma repubblicana; terminata in modo infausto tale spedizione, un nuovo commissario straordinario per le province di Marittima e Campagna (Giuseppe Berardi) fu mandato dal pontefice a fianco del comandante le truppe spagnole sbarcate a Gaeta e a Terracina nel mese di luglio.
Per le quattro legazioni era stato nominato commissario straordinario Gaetano Bedini: entrò in Bologna il 21 maggio, cinque giorni dopo l'ingresso degli austriaci. Commissario straordinario nelle Marche fu in un primo tempo Domenico Savelli, entrato in Ancona al seguito delle truppe austriache nella seconda metà di giugno. L'Umbria e il Patrimonio furono in un primo tempo riunite sotto un unico commissariato, affidato alla fine di luglio a Girolamo D'Andrea, con sede a Viterbo.
I commissari avevano ricevuto da Pio IX, rifugiatosi in esilio a Gaeta, pieni poteri per ripristinare l'autorità pontificia nelle varie province; era però chiaro, dalle frequenti istruzioni che ricevevano dalla Segreteria di Stato, che le disposizioni da loro emanate dovevano essere provvisorie e limitate al territorio di loro competenza e che essi dovevano comunque operare in stretto contatto con le truppe straniere che erano entrate nei territori pontifici per debellare le forze repubblicane.
In seguito, appena istituita in Roma la Commissione governativa di Stato, questa provvide a definire le circoscrizioni dei commissariati: il commissario delle quattro legazioni, residente a Bologna, vide confermate le sue attribuzioni sul territorio delle legazioni di Bologna, Ferrara, Ravenna e Forlì; al commissario delle Marche, residente ad Ancona, rimasero affidate le delegazioni di Ancona, Macerata, Fermo, Ascoli, Camerino, nonché il commissariato di Loreto, mentre gli fu tolta la legazione di Urbino e Pesaro che fu attribuita direttamente al prolegato di Urbino e Pesaro.
Le province dell'Umbria furono separate da quelle del Patrimonio, per le quali la Commissione governativa di Stato istituì il 17 ago. 1849 il Commissariato del Patrimonio, affidato ad Andrea Pila e comprendente le delegazioni di Viterbo, ove aveva sede, Civitavecchia e Orvieto; all'Umbria fu unita la Sabina (già facente parte del Commissariato per la Marittima e Campagna) a formare il Commissariato dell'Umbria e Sabina comprendente le delegazioni di Spoleto, Rieti e Perugia e in quest'ultima città residente; il Commissariato per la Marittima e Campagna, con sede a Velletri, ebbe le circoscrizioni della legazione di Velletri e della delegazione di Frosinone (Rieti essendo passata al Commissariato per l'Umbria e la Sabina). La delegazione di Benevento fu affidata a quel delegato. Per Roma e la sua provincia rimase la presidenza di Roma e Comarca.
Dal 1 set. 1849, con dispaccio ministeriale, furono riunite nelle mani dei commissari straordinari anche le funzioni di prolegati o delegati dei capoluoghi nei quali i commissariati avevano sede; pertanto il commissario nelle quattro legazioni assunse anche le funzioni di prolegato di Bologna, il commissario di Marittima e Campagna quelle di vicelegato di Velletri, il commissario delle Marche quelle di delegato di Ancona, il commissario dell'Umbria di delegato di Perugia, il commissario del Patrimonio di delegato di Viterbo.
Per la nomina del Savelli a ministro dell'interno, al commissariato delle Marche fu preposto l'8 ago. 1849 mons. Camillo Amici che vi rimase fino al 1856 quando il commissariato fu soppresso ed all'Amici fu affidato quello delle quattro legazioni. In quest'ultimo il Bedini era rimasto sino al 1852, poi vi fu preposto mons. Gaspare Grassellini e successivamente appunto l'Amici, dal 1856; il commissariato ebbe termine nel 1858. Gli altri avevano avuto vita breve: sia il commissariato dell'Umbria e della Sabina che quello della Marittima e Campagna erano cessati nel 1851 mentre quello del Patrimonio aveva avuto una durata di pochi mesi ed era già scomparso alla fine del 1850.
La documentazione di questi istituti interprovinciali non sempre costituisce un archivio a se stante: l'archivio del Commissariato delle quattro legazioni si trova a Bologna, quello per le Marche ad Ancona (furono questi i commissariati che ebbero vita più lunga) e quello dell'Umbria e Sabina a Perugia, ma le carte dei Commissariati della Marittima e Campagna e del Patrimonio sono inserite negli archivi delegatizi dei due capoluoghi, rispettivamente nella legazione di Velletri (AS Roma) e nella delegazione di Viterbo (in particolare, AS Viterbo, Delegazione, b. 2).