In base all’art. 29 dell’armistizio lungo, Mussolini, i suoi più importanti collaboratori e i criminali di guerra debbono essere consegnati alle Nazioni unite, mentre il governo italiano si impegna in una azione interna di epurazione, con il licenziamento e l’internamento del personale fascista. Le prime disposizioni in merito emanate dal governo Badoglio,  r.d.l. 29 dic. 1943, n. 29/B, Defascistizzazione delle amministrazioni statali, degli enti locali e parastatali  , affidano gli interventi di epurazione alla pubblica amministrazione e non ai partiti antifascisti e non contengono alcun riferimento ai fascisti della RSI; il decreto, non concordato con gli Alleati, viene comunque accettato ed esteso alle parti di territorio sotto controllo alleato. Con il nuovo governo Badoglio – che include anche socialisti, azionisti e comunisti – viene approvato il  r.d.l. 26 maggio 1944, n. 134, Punizione dei delitti e degli illeciti del fascismo  , che istituisce l’Alto commissariato per la punizione dei delitti e degli illeciti del fascismo, introduce la pena di morte, allarga l’area dei punibili e punisce i delitti contro “la fedeltà e l’onore militare” commessi dopo l’armistizio (8 settembre 1943). L’Alto commissariato svolge indagini e avvia procedimenti giudiziari, mentre il giudizio spetta a tribunali speciali presso le corti di appello.
Dopo la liberazione di Roma (giugno 1944), con il governo Bonomi viene emanato il  d.lgs. 27 lug. 1944, n. 159, Sanzioni contro il fascismo  , che – al titolo primo - istituisce l’Alta corte di giustizia per i membri del governo fascista e per i gerarchi del partito fascista con potere di comminare l’ergastolo e la pena di morte; mentre Corti di assise, Tribunali e Preture giudicano gli atti di violenza del fascismo compiuti a partire dal 1922, spetta sia alla giustizia ordinaria che ai tribunali militari la cognizione di crimini e atti di collaborazionismo compiuti dopo l’armistizio, puniti comunque in base al codice militare di guerra. E’ previsto il ricorso a una Sezione speciale della Corte di cassazione. L’Alto commissariato, che in base a tale decreto è ora denominato Alto commissariato per le sanzioni contro il fascismo, può promuovere l’azione per i delitti deferibili all’Alta corte di giustizia, presso cui svolge funzioni di pubblico ministero.
Il decreto disciplina in maniera distinta l’epurazione dalle amministrazioni pubbliche dalle sanzioni per reati fascisti o per fatti particolarmente gravi, che tuttavia non si configurino come reati. L’art. 18 istituisce le Commissioni di epurazione da istituirsi presso ogni ministero o amministrazione o ente autonomo per il personale che ha prestato servizio nell’amministrazione civile e militare; in base allo stesso articolo sono istituite anche le Commissioni provinciali di epurazione per il personale dei comuni, delle province, degli enti di beneficenza e altri enti sottoposti a controllo dell’amministrazione locale.
Per quanto attiene alle sanzioni, invece, l’art. 8 istituisce le Commissioni provinciali per la punizione dei delitti compiuti durante il fascismo. Le Commissioni provinciali per le sanzioni contro il fascismo sono presiedute da un magistrato e costituite di altri due membri scelti a sorte nella lista dei giudici popolari. Emanano provvedimenti di interdizione temporanea dai pubblici uffici o privazione dei diritti politici nei confronti di chi per motivi fascisti abbia compiuto fatti di particolare gravità contrari a norme di rettitudine o di probità politica ma tali da non configurarsi come reati. La sospensione dei diritti politici viene estesa con d.lgs.lgt. 4 gen. 1945, n. 2, a tutti coloro che abbiano ricoperto cariche direttive nel Partito nazionale fascista.
Con  d.lgs.lgt. 13 set. 1944, n. 198  , vengono ulteriormente disciplinate l’Alta corte di giustizia e le Commissioni provinciali per le sanzioni contro il fascismo che adottano i provvedimenti di loro competenza su richiesta dei procuratori del Regno o dell’Alto commissariato per le sanzioni contro il fascismo; il presidente delle Commissioni è nominato con decreto del Ministero di grazia e giustizia; l’estrazione a sorte degli altri due membri tra i giudici popolari è fatta secondo le disposizioni delle Corti di assise. La Commissione prima di adottare i provvedimenti deve sentire l’interessato, che può farsi assistere da un difensore. Contro i provvedimenti delle Commissioni è ammesso ricorso in cassazione.
In base al  d.lgs.lgt. 8 ott. 1944, n. 238, Ordinamento dell’Alto commissariato per le sanzioni contro il fascismo  , l’Alto commissario è assistito da quattro commissari aggiunti, rispettivamente per la punizione dei delitti, l’epurazione dell’amministrazione, l’avocazione dei profitti di regime, la liquidazione dei beni fascisti.
Con il  d.lgs.lgt. 10 dic. 1944, n. 419  , che modifica gli istituti dell’ammonizione e del confino, viene anche affrontato il tema delle misure di polizia: il decreto introduce modifiche al Testo unico delle leggi di pubblica sicurezza del 1931 per il confino e l’ammonizione. Il confino viene mantenuto per coloro che svolgono o hanno manifestato volontà di svolgere attività rivolta a sovvertire violentemente gli ordinamenti politici, economici e sociali costituiti nello Stato o a contrastare o ostacolare l’azione dei poteri dello Stato. Viene altresì modificata la composizione delle Commissioni provinciali e della Commissione di appello per le decisioni in merito al confino e all’ammonizione.
Il  d.lgs.lgt. 26 apr. 1945, n. 149  , sull’applicazione di sanzioni a carico dei fascisti politicamente pericolosi, richiama all’art. 2 le funzioni delle Commissioni provinciali per le sanzioni contro il fascismo istituite con decreto 159/1944 (art. 8) e le disposizioni del decreto 198/1944. Contro le decisioni delle Commissioni provinciali è ammesso appello ad una Commissione centrale di appello presieduta da un magistrato e composta di quattro membri. Misure di sicurezza (colonie agricole e case di lavoro), confino, ai sensi dell’art. 180 del Testo unico delle leggi di pubblica sicurezza (TULPS, approvato con r.d. 18 giu. 1931, n. 773) o campi di internamento sono previsti, all’art. 3, per chi abbia tenuto condotta ispirata a metodi e malcostume del fascismo e continui in tali comportamenti risultando pericoloso all’esercizio delle libertà democratiche. Tali misure, estese anche a chi favorisce il risorgere del fascismo, sono adottate dalle Commissioni indicate all’art. 166 del TULPS e modificate dall’art. 2 del d.lgs.lgt. 10 dic. 1944, n. 419. Contro le decisioni di queste Commissioni è ammesso appello ai sensi dell’art. 184 del TULPS, modificato dall’art. 2 dello stesso d.lgs.lgt. 10 dic. 1944, n. 419. Le Commissioni provinciali di cui agli artt. 2 e 3 – cioè sia quelle per le sanzioni contro il fascismo che quelle previste nel TULPS – decidono d’ufficio su denuncia dell’Alto commissariato per le sanzioni contro il fascismo o suoi delegati o degli organi di polizia, anche su segnalazione dei Comitati di liberazione nazionale (CLN). L’immediato arresto per i fatti di cui all’art. 3 spetta a entrambe le citate Commissioni provinciali, all’Alto commissariato per le sanzioni contro il fascismo, ai Procuratori e ai Questori.
Con  d.lgs.lgt. 5 ott. 1945, n. 625  , vengono unificati per tutto il territorio nazionale gli organi e le procedure per la repressione dei delitti fascisti. Le Corti straordinarie di assise si trasformano in Sezioni speciali di corte di assise che dovranno durare un anno. L’Alta corte di giustizia, istituita con decreto 159/1944 resta in funzione solo per l’espletamento dei giudizi di decadenza dei senatori, portando a termine, rispetto ai precedenti compiti, solo i giudizi per i quali sia già in corso il dibattimento. Il decreto, per i territori non ancora restituiti all’Amministrazione italiana, entrerà in vigore quando sia reso esecutivo dal Governo militare alleato.
Con  d.lgs.lgt. 8 feb. 1946, n. 22  , le attribuzioni dell’Alto commissariato per le sanzioni contro il fascismo vengono devolute alla Presidenza del consiglio dei ministri.
Il successivo  d.lgs.lgt. 12 apr. 1946, n. 201  , raccoglie in un testo unico le disposizioni per la punizione dei delitti fascisti e per la repressione delle attività fasciste, stabilendo che i delitti previsti dai decreti 159/1944, 142/1945 e 195/1945 sono disciplinati dal presente decreto. L’art. 13 modifica l’art. 5 del decreto 149/1945 e stabilisce che il pubblico ministero presso le Sezioni speciali di corte di assise dirige, coordina e vigila sull’applicazione delle sanzioni a carico dei Fascisti politicamente pericolosi. Le Commissioni provinciali di cui agli artt. 2 e 3 di quel provvedimento (quelle per le sanzioni contro il fascismo e quelle previste dal TULPS) decidono d’ufficio o su denuncia del pubblico ministero delle Sezioni speciali di corte di assise, del procuratore del Regno o degli organi di polizia. Tali Commissioni possono ordinare l’arresto. Debbono essere denunziati alle Commissioni provinciali previste dal TULPS coloro che abbiano fatto parte delle Brigate nere o altre formazioni con funzioni politico militari, fatte salve le responsabilità penali per i fatti costituenti reato. Definisce anche le competenze del Pretore, del Tribunale e delle Sezioni speciali di corte di assise, secondo le norme ordinarie di procedura, per i delitti e la repressione delle attività fasciste previste nei precedenti decreti e per i quali è esclusa la competenza dei Tribunali militari, salvo situazioni particolari. Definisce, infine, le competenze delle Sezioni speciali di corte di assise e le procedure per il ricorso in cassazione.
Con  decreto presidenziale 22 giugno 1946, n. 4  , viene approvata un’amnistia (nota come amnistia Togliatti) che prevede condono o commutazione della pena per reati comuni punibili fino a cinque anni e per reati politici, compresi quelli di collaborazionismo con il nemico, e per i reati commessi nel Regno del sud dopo l’8 settembre 1943 e dopo l’inizio dell’occupazione militare alleata; include anche reati previsti dal decreto 159/1944, e dal decreto 142/1945. Lo scopo dell’amnistia è di arrivare ad una pacificazione nazionale dopo gli anni di guerra civile e le violenze dell’immediato dopoguerra.
Con  d.lgs.c.p.s. 2 ago. 1946, n. 59  , viene modificata la composizione della Commissione centrale di appello per le sanzioni contro il fascismo e viene stabilito che, ove risulti necessario, possono essere istituite Sottocommissioni.
Con  d.lgs.c.p.s. 11 ottobre 1947, n. 1076  , stabilisce circa le sanzioni a carico dei fascisti politicamente pericolosi, di cui agli artt. 1 e 3 del decreto 149/1945, che i relativi provvedimenti potranno essere adottati fino al 30 giugno 1948.
Parallelamente, con  d.lgs. 7 febbraio 1948, n. 48  , vengono dettate norme anche per l’estinzione e per la revisione dei provvedimenti di epurazione già adottati, cui si aggiungono disposizioni integrative con  l. 14 maggio 1949, n. 326  . Infine con  d.p.r. 19 dic. 1953, n. 922  , si prevede l’amnistia per vari reati, tra cui quelli concernenti la violazione della disciplina dei consumi di guerra, prevista dal r.d.l. 22 apr. 1943, n. 245, e successive modifiche, e la diffamazione a mezzo stampa; si prevede l’indulto per reati politici commessi dall’8 settembre 1943 fino al 18 giugno 1948, nonché per quelli inerenti a fatti bellici commessi da coloro che abbiano appartenuto a formazioni armate.