Con legge del 1864 si istituiscono Commissioni comunali e Commissioni consorziali incaricate di tutte le operazioni per appurare in prima istanza le somme dei redditi e delle imposte dovute dai contribuenti del comune o del consorzio. Il presidente di tali Commissioni comunali o consorziali è nominato dal prefetto. Contro le somme di reddito determinate dalle Commissioni comunali o consorziali è ammesso ricorso alla Commissione provinciale. Si tratta di una attività di natura amministrativa.
La legge 2248/1865 sul contenzioso finanziario (All. E), nel sopprimere i tribunali speciali con giurisdizione del contenzioso amministrativo stabilisce all’art. 6 che nelle controversie relative alle imposte sia dirette che indirette, la giurisdizione ordinaria è esercitata in primo grado dai Tribunali di circondario e in secondo grado dalle Corti di appello.

Nel 1877, con  r.d. 24 agosto, n. 4021  , viene riordinata la materia: le Commissioni amministrative di prima istanza diventano Commissioni mandamentali, mentre per l’appello è competente la Commissione provinciale. Una Commissione centrale è istituita per le controversie riguardanti più comuni e per il ricorso contro decisioni delle Commissioni provinciali in casi riguardanti l’applicazione delle leggi; contro le decisioni della Commissione centrale è possibile il ricorso al giudice ordinario.

La riforma del 1936, approvata con  r.d.l. 7 agosto, n. 1639  , dà una nuova disciplina per la risoluzione in via amministrativa delle controversie in materia di imposte dirette (escluse quelle sui terreni) e di imposte sui trasferimenti delle ricchezze, amplia le competenze delle commissioni includendovi, in parte, anche le imposte indirette sugli affari. Sostituisce le Commissioni mandamentali con Commissioni distrettuali, la cui competenza territoriale coincide con quella degli Uffici delle imposte dirette, mentre resta alle Commissioni provinciali la competenza in appello. Nei casi previsti dalla legge contro le decisioni delle Commissioni provinciali è ammesso ricorso alla Commissione centrale delle imposte dirette. Il ricorso all’autorità giudiziaria è esteso anche rispetto alle decisioni delle Commissioni distrettuali e delle Commissioni provinciali. La nomina del presidente delle commissioni è affidata all’amministrazione finanziaria.

Il sistema della giustizia tributaria - che, dopo l’entrata in vigore della Costituzione del 1948, è stato oggetto di decisioni contrastanti della Corte costituzionale in merito, fra l’altro, alla natura di organo giurisdizionale o di organo amministrativo delle Commissioni tributarie - viene riordinato con  d.p.r. 26 ott. 1972, n. 636  Nell’ambito della più generale riforma tributaria si ridefiniscono le commissioni. Sono istituite Commissioni tributarie di primo grado, con sede e competenza territoriale uguale a quella dei tribunali, e Commissioni tributarie di secondo grado, con sede nei capoluoghi di provincia, e una Commissione tributaria centrale. E’ ampliato l’elenco dei tributi sottoposti alle commissioni, specificamente descritti all’art. 1. Spetta ora al presidente del Tribunale la nomina dei presidenti delle Commissioni tributarie di primo grado e al primo presidente della Corte di appello quella dei presidenti delle Commissioni tributarie di secondo grado. Le norme di procedure vengono rese più vicine a quelle del processo civile. Una sentenza della Corte costituzionale del 27 dic. 1974, n. 287, qualifica le Commissioni tributarie come organi giurisdizionali.

In base alla disciplina prevista dal  d.lgs. 31 dic.1992, n. 545  , e del successivo decreto n. 546, gli organi di giurisdizione in materia tributaria vengono nuovamente disciplinati, modificandone anche la circoscrizione territoriale. In luogo delle Commissioni tributarie di primo e di secondo grado vengono istituite le Commissioni tributarie provinciali, con sede nei capoluoghi di provincia, e le Commissioni tributarie regionali, con sede nel capoluogo di regione. E’ prevista l’istituzione di Sezioni di Commissioni tributarie provinciali o regionali, ove occorra, nelle sedi delle precedenti commissioni di primo o di secondo grado. In apposita tabella il provvedimento reca l’elenco delle Commissioni tributarie provinciali e delle Commissioni tributarie regionali, nonché delle relative sezioni. Il numero delle sezioni può essere variato con decreto del ministro del tesoro di concerto con il ministro di grazia e giustizia. Presso le Commissioni tributarie sono istituiti uffici di segreteria; è istituito inoltre il servizio automatizzato per la gestione delle attività di segreteria e per le rilevazioni statistiche dei processi nonché per la formazione e tenuta dei ruoli; presso ogni Commissione tributaria regionale si trova l’ufficio del massimario che rileva, classifica e ordina in massime le decisioni della Commissione stessa e di quelle provinciali in ambito regionale. Le nuove Commissioni tributarie debbono essere insediate entro il 1° ottobre 1993, data poi rinviata, e contestualmente cessano le precedenti. Anche quando risulta istituita la nuova Commissione tributaria centrale la precedente cessa di funzionare. Nelle nuove commissioni possono entrare, a richiesta, i componenti delle precedenti, ove in possesso dei requisiti.
La legge del 1992 istituisce anche il Consiglio di presidenza della giustizia tributaria, presso il Ministero delle finanze, i cui membri sono eletti da tutti i componenti delle Commissioni tributarie provinciali e regionali. I presidenti delle Commissioni tributarie sono nominati tra i magistrati ordinari, amministrativi o militari, anche a riposo; i componenti sono nominati con decreto del Presidente della Repubblica, su proposta del ministro dell’economia e delle finanze, previa deliberazione del Consiglio di presidenza della giustizia tributaria.
Le norme sulla giurisdizione e sulle procedure delle Commissioni tributarie sono stabilite con  d.lgs. 31 dic. 1992, n. 546  La loro giurisdizione, definita all’art. 2, è molto ampia e riguarda le controversie relative ad ogni genere e specie di tributo, compresi quelli regionali, provinciali e comunali, nonché sovrimposte e addizionali e sanzioni disciplinari stabilite da uffici finanziari (in materia tributaria); quelle inerenti alle controversie in materia catastale circa le caratteristiche tecniche e l’attribuzione della rendita catastale delle singole unità immobiliari urbane.
Le Commissioni tributarie provinciali sono competenti per le controversie proposte nei confronti degli Uffici delle entrate e degli Uffici del territorio dipendenti dal Ministero delle finanze nonché degli enti locali o dei concessionari dei servizi di riscossione, con sede nella circoscrizione. Se la controversia è proposta contro un Centro di servizio è competente la commissione nella cui giurisdizione ha sede l’ufficio cui spettano le attribuzioni del tributo controverso. La Commissione regionale ha funzioni di appello. Ogni commissione è assistita da personale dell’Ufficio di segreteria secondo le disposizioni del codice di procedura civile per i cancellieri.
Più volte la Corte costituzionale è intervenuta per delimitare la competenza delle Commissioni tributarie rispetto a quella del giudice ordinario.